Matthias Grünert wurde 1973 in Nürnberg geboren. Erste musikalische Eindrücke empfing der Sohn eines Kirchenmusikerehepaares als Sänger im Windsbacher Knabenchor. Nach dem Abitur studierte er Kirchenmusik A, Gesang und Orgel an der Hochschule für Kirchenmusik in Bayreuth und an der Hochschule für Musik in Lübeck. Weiterführende Impulse erhielt er von F. Tagliavini, J. Laukvik, M. Radulescu. Er ist Preisträger verschiedener Orgelwettbewerbe, so z. B. des Internationalen Wettbewerb für Kirchenmusikerinnen und Kirchenmusiker 2000.
Während des Studiums war er Assistent des Lübecker Domchores und Kirchenmusiker an St. Petri im Luftkurort Bosau, wo er die Konzertreihe Bosauer Sommerkonzerte organisierte.
In den Jahren 2000 – 2004 war er als Stadt- und Kreiskantor in thüringischen Greiz tätig und brachte 2003 an der Stadtkirche St. Marien u. a. das gesamte Orgelwerk Bachs zur Aufführung.
2004 wurde er als erster Kantor der Dresdner Frauenkirche berufen und trat dieses Amt im Januar 2005 an. Seitdem ist er künstlerisch verantwortlich für die gesamte Kirchenmusik im wieder erbauten Barockbau. Er gründete den Chor der Frauenkirche und den Kammerchor der Frauenkirche, die er beide zu einer festen Größe in der Kulturlandschaft Mitteldeutschlands etablieren konnte. Der Kammerchor versteht sich als kirchenmusikalischer Botschafter der Frauenkirche und gastierte vor bedeutenden Persönlichkeiten wie beispielsweise dem US-amerikanischen Präsidenten Barack Obama, Bundeskanzlerin Angela Merkel, Bundespräsident a.D. Horst Köhler oder Papst Franziskus.
So engagiert sich Matthias Grünert in vielen Erstaufführungen auch für die Wiederentdeckung Dresdner Komponisten des Spätbarock und der Klassik. Der Schwerpunkt des Chores mit seinen 100 Sängerinnen und Sängern liegt auf dem 19. Jahrhundert und pflegt u.a. alle wichtigen Oratorien. Der Kammerchor widmet sich in seiner Arbeit besonders Komponisten des 17. und 18. Jahrhunderts, mit dem besonderen Fokus auf die Werke Johann Sebastian Bachs und hält alle Messvortonungen und Oratorien von Monteverdi, Bach, Haydn und Mozart im Repertoire. Das von ihm initiierte und aus Musikern der Sächsischen Staatskapelle und Dresdner Philharmonie bestehende ensemble frauenkirche ist ständiger musikalischer Partner bei vielen Aufführungen vor Ort und darüber hinaus auf Gastspielreisen präsent. Als Dirigent arbeitet Matthias Grünert mit vielen namhaften Solisten und Orchestern regelmäßig zusammen.
Gastspiele als Organist und Dirigent führten ihn bisher an zahlreiche Orgeln ebenso wie in viele Musikzentren, beispielsweise nach Japan, Island, Frankreich, Belgien, Österreich, Italien, Tschechien, Polen und in die Schweiz. Als Organist ist er gern gesehener Duopartner profilierter Musiker.
Eine umfassende Diskographie weist die musikalische Vielfalt Matthias Grünerts aus, darunter viel beachtete CD-Einspielungen u. a. bei Sony, Berlin Classics und Rondeau. Darüber hinaus dokumentieren zahlreiche Fernseh- und Rundfunk-Aufnahmen sein musikalisches Wirken.
Seit dem Wintersemester 2008/09 hat er einen Lehrauftrag für Orgel an der Hochschule für Kirchenmusik Dresden inne.Zudem ist er Autor von Klavierauszügen und Continuoaussetzungen für den Musikverlag Breitkopf & Härtel.
Das Musikfestival Mitte Europa kürte Matthias Grünert 2015 zum Artist in Residence.
